A causa de la cada vez mayor demanda de mezcal a nivel nacional e internacional, especialistas en la conservación y aprovechamiento de recursos naturales, aseguraron que no se han llevado a cabo prácticas sustentables al momento de producir esta bebida. Aurelio Martínez Ibarra, maestro en esta área de la ciencia, comentó que la única medida que toman la mayoría de productores, es el cultivar de forma autónoma las diferentes variedades de maguey.Derivado de la sobreexplotación de la tierra, a partir de los monocultivos, han empezado a proliferar enfermedades y plagas entre los magueyes. Lo que también a llevado a un mayor uso de agroquímicos en las héctareas de siembra, causando daño a la tierra, así un aumento en la resistencia de los insectos y parásitos a los plagicidas.A causa de los monocultivos, la erosión de la tierra, y el uso de pestisidas, las diferentes especies de agaves y magueyes silvestres se están extinguiendo. E incluso en comunidades donde su producción agrícola era común, variedades como el maguey coyote han desaparecido.Como consecuencia de las nulas prácticas sustentables en la producción de mezcal, el medioambiente en Oaxaca se ha visto afectado de diferentes maneras. Los monocultivos, la mayor presencia de plagas, y el continuo uso de los agroquímicos han derivado en la erosión de los suelos y la extinción de las variedades de maguey nativas del estado.